你好！公司扣除績效工資是否合法，要看雙方對于績效工資的核發如何約定，或者公司的相關文件如何規定，又或者以往的核發規則是什么。當然，公司就此負有舉證的義務；如公司拿不出扣除績效工資的充分依據，那公司將要承擔不利的后果。